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石垣市は大きく分けて中心部（美崎町・新栄町・八島町・浜崎町・登野城・石垣・大川・新川・名蔵・平得・真栄里・大浜）新石垣空港及び白保地区（宮良・白保・盛山）、川平地区（川平・崎枝・桴海）、北部地区（桃里・伊原間・野底・平久保）、からなっています。
人口は48,023人21,889世帯（平成25年3月末現在）
人口は周辺離島への玄関口となる離島ターミナルを中心とした島の南部に集中しており、登野城（9,495人4193世帯）、新川（8,884人3,837世帯）などの中心部に全人口の95.7％が集中しています。
2013年3月に運用を開始した新石垣空港から離島ターミナルの近くにあるバスターミナル間は路線バスが運行しています。所要時間は40分〜45分です。

年間平均気温は摂氏24.3度。湿度75％、降水量2106mmで亜熱帯海岸性気候に属しています。
　最も寒い1〜2月でも気温10〜15度。東京の4月くらいの気温です。5月中旬〜6月下旬は梅雨で、梅雨が明けると本格的な夏になり、9月頃まで30度以上の暑さが続きます。10月・11月も最低気温が20度をきることはほとんどありません。